Le séquençage et l’analyse des génomes ont ouvert des possibilités intéressantes en microbiologie, notamment pour la recherche et de nouvelles applications. Les génomes bactériens sont désormais régulièrement examinés dans de nombreux établissements, grâce aux progrès des technologies de séquençage et des logiciels dédiés. En mycologie, la génomique est plus complexe, en particulier pour les analyses complexes telles que les phylogénies basées sur le génome, en raison de la plus grande taille des génomes fongiques.

Ces dernières années, BCCM/IHEM a investi dans la génomique afin de répondre aux besoins croissants de ses clients dans le domaine. Après avoir optimisé les protocoles d’extraction d’ADN et les contrôles qualité, la collection a participé au projet BCCM GEN-ERA qui visait à mettre en œuvre des capacités bioinformatiques pour l’analyse des données.

Après plusieurs études basées sur la recherche, BCCM/IHEM propose désormais à ses clients un portefeuille de services génomiques qui comprend :

Extraction d’ADN à faible fragmentation adaptée au séquençage du génome entier et comprenant une évaluation qualitative et quantitative. L’extraction peut être effectuée sur les isolats du client ou l’ADN des souches IHEM peut être distribué. Séquençage, assemblage et annotation du génome basés sur de courtes lectures. Phylogénomique des souches fongiques pour l’identification et la recherche basées sur le génome. BCCM/IHEM étudie également actuellement le séquençage de lectures longues pouvant être utilisées pour le séquençage de novo des génomes fongiques. Cette stratégie ne nécessite pas la disponibilité d’un génome de référence et augmentera la disponibilité des services génomiques de la collection à l’avenir.